蛋白質(zhì)組學(xué)是研究生命科學(xué)現(xiàn)象與科學(xué)規(guī)律的重要途徑，在各個研究領(lǐng)域都有廣泛應(yīng)用。

有許多蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫資源及生物信息學(xué)分析工具，在研究蛋白質(zhì)的鑒定、結(jié)構(gòu)分析與模擬、蛋白與核酸相互作用、與蛋白-蛋白相互作用、分子對接，乃至分子相互作用網(wǎng)絡(luò)等各個層面為科學(xué)研究提供助力。

為進一步推進相關(guān)研究發(fā)展，助力廣大科研工作者提高蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析及生物信息學(xué)技能，

北京市計算中心生物計算事業(yè)部推出“蛋白質(zhì)組學(xué)及分子模擬”研習(xí)班。歡迎您參加！?

【主辦單位】

中國生物工程學(xué)會計算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會?

【承辦單位】

北京市計算中心?

【協(xié)辦單位】

云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點實驗室?

中國醫(yī)藥生物技術(shù)學(xué)會生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會?

北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心?

中國生物工程雜志?

北京唐唐天下生物醫(yī)學(xué)信息科技有限公司

北京微生太科技有限公司

北京依托華茂生物科技有限公司

【培訓(xùn)地點】

北京海淀區(qū)豐賢中路7號3號樓，北京市計算中心三層會議室?

【培訓(xùn)時間】

2018.12.10-12?上午：9：30-12：00?? 下午：13：30–17：00

北京市計算中心·生物計算事業(yè)部培訓(xùn)內(nèi)容

生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測與優(yōu)化

該部分主要包含對蛋白質(zhì)和小分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建與優(yōu)化。對于未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)分子，在已知基因或氨基酸序列基礎(chǔ)上，通過同源建模方法進行結(jié)構(gòu)預(yù)測和同源構(gòu)建。隨后在建模蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)之上，利用動力學(xué)軟件進行分子動力學(xué)模擬，以得到其最優(yōu)結(jié)構(gòu)模式。

通過經(jīng)典化學(xué)構(gòu)圖方法對小分子化合物進行結(jié)構(gòu)構(gòu)建，并采用量化軟件（Gaussian，ORCA等）計算分子電荷分布、分子軌道和反應(yīng)活化能等對其進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。

生物分子間作用機理研究

生物分子間作用研究步驟，主要包含生物分子（蛋白－蛋白，蛋白－核酸和蛋白－配體）間相互作用模式。在獲悉生物分子間作用模式前，首先對蛋白質(zhì)進行活性口袋鑒定，而后利用對接軟件進行分子間對接，并基于動力學(xué)軟件進行動態(tài)模擬，通過分析相互作用模式和分子間相互作用能等來鑒定分子間作用機理。

1. 分子對接

分子對接是分子模擬的重要方法之一，其本質(zhì)是兩個或多個分子間的識別過程，涉及分子之間的空間匹配和能量打分，根據(jù)能量排名最終得到分子間的初步最優(yōu)結(jié)構(gòu)和結(jié)合模式。?
“蛋白-配體”間對接軟件繁雜，本中心已有軟件主要包括Autodock，Vina，Dock等等。

圖3-1 蛋白-配體分子對接? 圖3-2 蛋白-配體分子對接結(jié)果分析

目前針對“蛋白-蛋白”與“蛋白-核酸”分子間的對接軟件較少，最常用的為Rosetta。

圖4 蛋白-核酸分子對接分析

圖5 蛋白-蛋白大分子對接與分析

1.分子動力學(xué)模擬

本中心目前擁有AMBER，GROMACS和NAMD等分子動力學(xué)軟件，依托本中心計算資源，短時間內(nèi)可進行100ns時間跨度動力學(xué)模擬。通過對模擬軌跡進行聚簇等分析，可獲得分子間各狀態(tài)相對穩(wěn)定構(gòu)型，并通過分析分子間相互作用模式和相互作用能等來鑒定分子間作用機理。

圖6 分子動力學(xué)模擬與分析

藥物先導(dǎo)化合物篩選、結(jié)構(gòu)修飾與優(yōu)化??

隨著科技的發(fā)展，當(dāng)前已經(jīng)擁有龐大的生物分子數(shù)據(jù)庫以及各種各樣的藥物分子數(shù)據(jù)庫，而傳統(tǒng)的實驗手段已經(jīng)難以從龐大的數(shù)據(jù)庫中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經(jīng)可以通過分析確定藥物的作用機制，并在此基礎(chǔ)上通過計算機模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子，從而大大的加快分子篩選過程。

圖7通過分子對接和分子動力學(xué)模擬的手段來篩選所需要的分子

Cell、Nature、Science、PNAS發(fā)表文獻實例講解（舉例）?

隨著計算生物學(xué)的發(fā)展，目前該學(xué)科已經(jīng)被廣泛認可。其中Cell、Nature、Science、PNAS、JMC等頂尖雜志中作圖出現(xiàn)頻率越來約為廣泛，我們將挑選文獻中相關(guān)圖形、表格，對整個文獻思路進行闡述，并遵照文獻中作圖進行原圖呈現(xiàn)，案例如下：?
（1）基因序列突變引發(fā)對應(yīng)蛋白三維結(jié)構(gòu)變化狀況分析；?
（2）小分子結(jié)合位點相互作用體系變化分析；?
（3）文獻作圖實例操作。

【特色】真正實戰(zhàn)經(jīng)驗豐富的一線專業(yè)團隊，與您一起交流、學(xué)習(xí)、探討您工作中實際遇到和將要面對的問題。?

【報名費用】?

培訓(xùn)費4000元，（含聽課費、資料費、上機費，請自帶筆記本電腦以備上機實踐使用）； 教材：《高通量測序與高性能計算理論和實踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社； 附近最近酒店為：如家酒店（永豐店），可自行網(wǎng)上預(yù)定，食宿自理。?

【報名優(yōu)惠政策】?

1、11.26日前報名并繳費可優(yōu)惠200元；?

2、3人以上團體報名每人可減少300元；?

3、4+1團報，可免費贈送一個名額；?

以上優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種。?

培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費為成功報名，培訓(xùn)座位按收到費用先后順序安排.?

注：培訓(xùn)前一周前后，會有郵件/電話通知開班與否；如未收到，請電話聯(lián)系確認。