日期

授課題目

授課內(nèi)容

第一天

轉(zhuǎn)錄組學前沿概述

1、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展前沿動態(tài)

2、轉(zhuǎn)錄組應用案例及應用熱點

轉(zhuǎn)錄組學實驗和分析基礎

1、轉(zhuǎn)錄組學研究的實驗技術(shù)

2、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程及技術(shù)細節(jié)（重點講解）

3、常用的轉(zhuǎn)錄組測序建庫技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學中l(wèi)ncRNA的研究

1、lncRNA目前的定義、應用和發(fā)展

2、lncRNA的生物學過程（重點講解）

3、lncRNA的測序（重點講解）

4、lncRNA測序數(shù)據(jù)分析案例展示（重點講解）

第二天

Linux基礎操作

1、Linux基礎操作

De novo轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐

1、原始測序數(shù)據(jù)的檢測和預處理（重點講解）

2、使用Trinity拼接轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（重點講解）

3、原始數(shù)據(jù)與拼接轉(zhuǎn)錄本的比對（重點講解）

4、表達量統(tǒng)計和差異表達分析（重點講解）

5、使用blast對轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋（重點講解）

6、尋找轉(zhuǎn)錄本的ORF，翻譯蛋白質(zhì)序列

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（一）

1、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準備和軟件介紹

2、使用Tophat進行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點講解）

3、用IGV查看比對結(jié)果

4、使用cufflinks進行表達量估計和分析（重點講解）

5、使用samtools檢測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的突變（重點講解）

6、利用DAVID數(shù)據(jù)庫進行差異表達基因的功能分析（重點講解）

第三天

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（二）

7、利用tophat和cufflinks組合，預測轉(zhuǎn)錄本

8、使用CNCI預測新的lncRNA轉(zhuǎn)錄本（重點講解）

9、使用LncTar軟件預測lncRNA調(diào)控的靶基因（重點講解）

microRNA測序與數(shù)據(jù)分析（包含上機實踐）

1、microRNA目前的應用、發(fā)展歷史以及microRNA的定義

2、microRNA的生物學過程（重點講解）

3、microRNA的測序（重點講解）

4、microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點講解）

5、microRNA測序數(shù)據(jù)預處理（重點講解）

6、microRNA的預測（重點講解）

7、microRNA靶標基因預測，結(jié)果提取、統(tǒng)計（重點講解）