TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2020(2月深圳班)
時(shí)間:2020-02-21 08:00 至 2020-02-23 18:00
地點(diǎn):深圳

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TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2020(2月深圳班) 已截止報(bào)名
會(huì)議時(shí)間: 2020-02-21 08:00至 2020-02-23 18:00結(jié)束 會(huì)議地點(diǎn): 深圳 清華大學(xué)深圳研究生院 深圳市南山區(qū)麗水路2279號(hào) 周邊酒店預(yù)訂 主辦單位: 上海遐永醫(yī)藥科技 上海遐錦生物科技有限公司 醫(yī)藥加科研培訓(xùn)中心 上海循掘生物科技中心 |
會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容 主辦方介紹
TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2020(2月深圳班)宣傳圖
受疫情影響,本次活動(dòng)暫停舉辦,后期持續(xù)更新中,敬請(qǐng)關(guān)注。攜手共抗疫情,提醒大家注意預(yù)防。
注意事項(xiàng):必須攜帶win10以上系統(tǒng)的電腦,現(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio。
TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)
2020.2.21-23?深圳·清華大學(xué)深圳研究生院
背景簡(jiǎn)介:
2019年度國(guó)家自然基金醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)目,批助金額總計(jì)441310萬(wàn)元。其中面上項(xiàng)目數(shù)量占45%,金額占57%;青年科學(xué)基金項(xiàng)目數(shù)量占43%,金額占20%。
初步統(tǒng)計(jì),這些項(xiàng)目中大部分都與編碼基因有直接或間接的關(guān)聯(lián)。其中,與通路(pathway)關(guān)聯(lián)的有1349項(xiàng),金額4.89億;與miRNA相關(guān)的有630項(xiàng),金額2.3億;與lncRNA相關(guān)的有395項(xiàng),金額1.45億;?
如何獲得有創(chuàng)新意義的疾病靶標(biāo)基因(mRNA,Protein,lncRNA,circRNA,miRNA,Mutation等)是項(xiàng)目申請(qǐng)及文章寫(xiě)作時(shí)最常見(jiàn)的問(wèn)題?;谶@個(gè)目的,我們開(kāi)展了該培訓(xùn)班:TCGA&GEO高通量數(shù)據(jù)挖掘。癌癥是臨床醫(yī)學(xué)中非常重要的疾病方向。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了常見(jiàn)了40種癌癥方向(含30000個(gè)樣本)的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。大家對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用近幾年也在逐漸增加!另外,其他疾病的研究可以通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行。
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項(xiàng)目類型 |
題目 |
金額/萬(wàn)元 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 |
FXYD3介導(dǎo)的信號(hào)網(wǎng)絡(luò)對(duì)腸道黏膜免疫穩(wěn)態(tài)的調(diào)控研究 |
300 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 |
基于蛋白-蛋白相互作用精準(zhǔn)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子Nrf2活性及探索其作為肝細(xì)胞癌治療的新靶標(biāo) |
298 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 |
miR-23b/24-1簇防治燒傷后膿毒癥所致MODS的系統(tǒng)研究 |
297 |
面上項(xiàng)目 |
LZTR1基因突變導(dǎo)致的RAS/MAPK通路過(guò)度激活以及Noonan綜合征相關(guān)肥厚型心肌病的機(jī)制研究 |
60 |
面上項(xiàng)目 |
SUGP2基因及其突變?cè)谶z傳性血色病中的致病作用及其機(jī)制研究 |
60 |
面上項(xiàng)目 |
WDR73基因突變?cè)贕alloway-Mowat綜合征中的致病機(jī)制研究 |
60 |
面上項(xiàng)目 |
STAG2通過(guò)ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反饋通路調(diào)節(jié)甲狀腺癌谷氨酰胺代謝的機(jī)制研究 |
60 |
面上項(xiàng)目 |
LncRNA FOXF1靶向調(diào)控動(dòng)力相關(guān)蛋白1表達(dá)在缺氧誘發(fā)肺動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞焦亡中的作用及分子機(jī)制 |
55 |
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會(huì)議預(yù)期:
通過(guò)三天的學(xué)習(xí),我們了解生信分析思路對(duì)項(xiàng)目及文章的幫助,以及實(shí)操常見(jiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)、在線工具和本地軟件。使得學(xué)員可以自己完成一個(gè)完整的分析報(bào)告并獲得疾病相關(guān)的靶標(biāo)基因。
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培訓(xùn)經(jīng)歷:在上海、北京、廣州、沈陽(yáng)、南京等城市舉辦過(guò)幾十場(chǎng)培訓(xùn)班。
主辦方:上海遐永醫(yī)藥科技有限公司
會(huì)議時(shí)間:2020年2月21-23日(三天),20日可報(bào)到(下午3點(diǎn)-晚上9點(diǎn))
上課時(shí)間:上午9:00-12:00,下午1:30-6:00
會(huì)議地點(diǎn):深圳市南山區(qū)麗水路2279號(hào) 清華大學(xué)深圳國(guó)際研究生院-C1棟
主辦方:上海遐永醫(yī)藥科技有限公司
住宿推薦:推薦維也納酒店?418元/天?費(fèi)用自理(可就近預(yù)定其他酒店)
住宿酒店地址:深圳市南山區(qū)平山村平山一路49號(hào)
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南京巴傲得生物科技有限公司(Biogottechnology,co,Ltd),是專一服務(wù)于生命科學(xué)研究的專業(yè)技術(shù)型企業(yè)。是一大批志同道合的資深專業(yè)人士共同創(chuàng)辦的具有現(xiàn)代化經(jīng)營(yíng)管理水平的生物高科技企業(yè),從事生物技術(shù)產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)及銷售,致力于將巴傲得生物打造成中國(guó)乃至世界一流的生物技術(shù)產(chǎn)品供應(yīng)商。巴傲得生物長(zhǎng)期備有Bioworld抗體現(xiàn)貨4000多種抗體可以在一周左右送到客戶的手里。精湛品質(zhì)、合理價(jià)格、專業(yè)服務(wù),是我們?yōu)槟?wù)的宗旨。在細(xì)胞信號(hào)通路、免疫學(xué)、蛋白組學(xué)上擁有顯著優(yōu)勢(shì),其抗體產(chǎn)品、生長(zhǎng)因子等為生命科學(xué)科研工作者提供了極大的便利。

上海遐錦生物科技有限公司于2019年11月29日舉辦全國(guó)循證醫(yī)學(xué)Meta分析與網(wǎng)狀Meta研討會(huì)2019(11月上海班)會(huì)議。

舉辦了2018腸道菌群與代謝組學(xué)國(guó)自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專題會(huì)議(12月北京班) 2019臨床預(yù)測(cè)模型構(gòu)建與基于R語(yǔ)言統(tǒng)計(jì)分析學(xué)習(xí)班(01.05-01.06北京班) 2019全國(guó)循證醫(yī)學(xué)Meta分析及網(wǎng)狀Meta三天精講學(xué)習(xí)班(1月北京班) 第10期測(cè)序與芯片高通量數(shù)據(jù)挖掘與分析學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) 2019腸道菌群與代謝組學(xué)國(guó)自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專題會(huì)議(1月上海班) 2019國(guó)自然基金標(biāo)書(shū)構(gòu)思與撰寫(xiě)學(xué)習(xí)班(1月上海班) TCGA,GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘?qū)n}學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) 第8期醫(yī)學(xué)SCI論文寫(xiě)作及發(fā)表技巧學(xué)習(xí)班2019(1月上海班) ......
上海循掘生物科技中心上海循掘生物科技中心于2020年2月21日舉辦TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2020(2月深圳班)會(huì)議。
會(huì)議日程
(最終日程以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn))
TCGA&GEO高通量數(shù)據(jù)挖掘分析實(shí)操?gòu)?qiáng)化研討會(huì) | |||
時(shí)間安排 | 課程表 | 介紹 | |
第一天 | 9:00~10:30 | 生信簡(jiǎn)介 | 生物信息介紹 |
高通量:測(cè)序及芯片介紹——不同組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、順?lè)唇M學(xué)、宏基因組學(xué)等。 | |||
經(jīng)典生信SCI文章的解讀,了解TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)、GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)這些公共數(shù)據(jù)的挖掘獲得創(chuàng)新結(jié)論并發(fā)文章的思路。 | |||
10:45-12:00 | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù) | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù):最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(kù)(簡(jiǎn)介) | |
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和使用(包含了轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀組和臨床信息數(shù)據(jù)) | |||
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)介紹:?數(shù)據(jù)量最大的高通量公共數(shù)據(jù)庫(kù)。 | |||
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的高通量芯片數(shù)據(jù)查找、篩選、探針轉(zhuǎn)換、差異分析等。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~15:00 | R語(yǔ)言學(xué)習(xí) | R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。 R語(yǔ)言基礎(chǔ):元素、向量、矩陣、數(shù)組 R語(yǔ)言函數(shù):計(jì)算函數(shù)、統(tǒng)計(jì)函數(shù)等 R語(yǔ)言路徑確認(rèn)及修改 R語(yǔ)言文件(圖、表)的導(dǎo)入和導(dǎo)出 | |
15:20~17:00 | R語(yǔ)言學(xué)習(xí) | R語(yǔ)言包:包的下載安裝 R語(yǔ)言:差異分析limma包使用、火山圖制作 | |
第二天 | 8:30~10:00 | TCGA相關(guān)的下載工具 | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)下載:RNA-seq數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)的下載 |
10:20~12:00 | TCGA相關(guān)的分析工具 | TCGA數(shù)據(jù)分析——突變分析、差異分析、關(guān)聯(lián)分析、生存分析、miRNA調(diào)控靶基因分析等。 | |
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~17:00 | 數(shù)據(jù)的后續(xù)高級(jí)分析工具實(shí)戰(zhàn) | DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 | |
通路map圖構(gòu)建 | |||
聚類熱圖制作 R語(yǔ)言pheatmap包做聚類熱圖 | |||
蛋白與蛋白互作分析(PPI)——STRING數(shù)據(jù)庫(kù) | |||
第三天 | 8:30~12:00 | 數(shù)據(jù)的后續(xù)高級(jí)分析工具實(shí)戰(zhàn) | cytoscape軟件(上):網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建與美化 |
cytoscape軟件(下):插件使用 | |||
GSEA軟件的實(shí)操:全基因集富集分析 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~16:00 | 思路討論 | 基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)多套數(shù)據(jù)整合(meta)分析思路演練 | |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
基于TCGA的甲基化與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
基于TCGA的基因組與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
串講 | 思路大串講 | ||
備注:講師使用windows10系統(tǒng)講解,建議攜帶同樣系統(tǒng)的電腦 | |||
上課軟件為:Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio |
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會(huì)議嘉賓
(最終出席嘉賓以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn))
講師簡(jiǎn)介:宋偉博士
成果:參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專利的撰寫(xiě)和申請(qǐng);肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫(kù)的分析和構(gòu)建;完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無(wú)創(chuàng)唐篩流程的開(kāi)發(fā)。
研究方向:有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn),擅長(zhǎng)方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等,精通perl、R等編程語(yǔ)言。
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參會(huì)指南
會(huì)議門票 場(chǎng)館介紹
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn):會(huì)務(wù)費(fèi):3800元每位(會(huì)務(wù)費(fèi)包含電子版教材、午餐,住宿費(fèi)自理。)
優(yōu)惠政策:
1.提前確認(rèn)報(bào)名及轉(zhuǎn)賬的,可以提前拿到學(xué)習(xí)材料
2.三人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠100元
3.四人組團(tuán)報(bào)名,每人優(yōu)惠200元,
4.六人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi),可免1人參會(huì)費(fèi)!?
可以開(kāi)正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票,紙質(zhì)邀請(qǐng)函(蓋紅章)。?
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清華大學(xué)深圳研究生院
溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動(dòng)延期或取消,建議“異地客戶”與活動(dòng)家客服確認(rèn)參會(huì)信息后,再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動(dòng)各項(xiàng)資源需提前采購(gòu),購(gòu)票后不支持退款,可以換人參加。
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