8:30--9:00

學(xué)員報(bào)道，領(lǐng)取資料。

9:00--11:30

分子模擬簡介：分子模擬方法的選擇；

分子動力學(xué)理論：模擬框架、積分方法、分子力學(xué)、系統(tǒng)、常用軟件等。

13:30--17:00

生物分子的結(jié)構(gòu)搭建和三維可視化

GROMACS的編譯/Linux基礎(chǔ)/作業(yè)提交

GROMACS文件類型、參數(shù)設(shè)置、top文件詳解、模擬流程、分析工具

GROMACS實(shí)例演示（純水體系）?

?

第二天

8:30--11:30?? GROMACS上機(jī)實(shí)踐1

溶劑體系

? ? ? ??完成水和有機(jī)溶劑（甲醇和環(huán)己烷）的參數(shù)設(shè)置和模擬，進(jìn)行溫度、密度、偶極矩、介電常數(shù)、蒸發(fā)焓、擴(kuò)散系數(shù)、徑向分布、粘度、表面張力、表面勢能等計(jì)算分析。

? ? ? ? ??學(xué)員在此階段可學(xué)習(xí)Amber/Charmm力場參數(shù)的構(gòu)建、標(biāo)準(zhǔn)的分子動力學(xué)計(jì)算流程、氣相和液相體系的模擬設(shè)置，以及GROMACS內(nèi)置的數(shù)據(jù)分析程序，以及加深對GROMACS文件類型、分子處理、參數(shù)設(shè)置和關(guān)鍵命令的理解。

13:30--17:00? GROMACS上機(jī)實(shí)踐2

蛋白質(zhì)/蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物體系

? ? ????完成蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)/配體在水溶液中的模擬計(jì)算，分析蛋白質(zhì)的柔性、二級結(jié)構(gòu)、親/疏水面積、回旋半徑、蛋白質(zhì)/配體的結(jié)合能、距離、氫鍵、靜電和范德華作用等分析，同時(shí)嘗試對氨基酸進(jìn)行突變或修飾，并利用Discovery Studio Visualizer制作高質(zhì)量三維結(jié)構(gòu)圖片。

? ? ? ? 學(xué)員在此階段可學(xué)習(xí)GROMACS對蛋白質(zhì)和配體坐標(biāo)文件的處理命令，了解軟件對混合分子體系（蛋白質(zhì)/配體/離子/水）的參數(shù)設(shè)置以及力場文件的修改，掌握GROMACS軟件對蛋白質(zhì)體系的分析程序。

?

第三天????

8:30--11:30???GROMACS上機(jī)實(shí)踐3

分子對接與GROMACS優(yōu)化

利用Autodock Vina軟件完成蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物的對接，并利用GROMACS進(jìn)行進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和作用機(jī)理分析。

? ? ?學(xué)員在此階段可學(xué)習(xí)Autodock Vina剛性和柔性對接的方法，復(fù)合物的結(jié)構(gòu)預(yù)測及結(jié)合能的計(jì)算，進(jìn)一步復(fù)習(xí)GROMACS軟件對蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物體系的處理和結(jié)果分析。?

GROMACS上機(jī)實(shí)踐4

完成石墨烯、碳納米管、金屬有機(jī)骨架材料等體系的力場參數(shù)構(gòu)建和分子模擬。學(xué)員在此階段可學(xué)習(xí)GROMACS對規(guī)則材料和周期性體系的處理。

13:30--17:00? ? ???GROMACS上機(jī)實(shí)踐5

膜蛋白體系和雙相體系

完成膜蛋白體系（蛋白嵌入磷脂雙分子層）和雙相體系（甲醇/水、環(huán)己烷/水，核酸/環(huán)己烷/水）的設(shè)置和模擬。

? ? 學(xué)員在此階段可學(xué)習(xí)GROMACS對膜蛋白體系、混合溶劑體系、核酸體系的處理和構(gòu)建以及VMD軟件對模擬軌跡文件的可視化，復(fù)習(xí)混合分子體系參數(shù)的設(shè)置，學(xué)習(xí)力場參數(shù)文件的獲取和手動編輯。?

?GROMACS上機(jī)實(shí)踐6

粗粒化分子動力學(xué)模擬

?利用Martini力場完成環(huán)糊精和膜蛋白的粗?；瘏?shù)設(shè)置和模擬，比較全原子力場和粗粒化力場的差異和適用范圍。加強(qiáng)學(xué)員對GROMACS軟件適用范圍、mdp和top文件類型的編寫、系統(tǒng)平衡、時(shí)間步長選擇、力場參數(shù)選擇和構(gòu)建、出錯調(diào)試等一系列重要問題的認(rèn)識。

答疑解惑，互相討論。