時間安排

課程主題

培訓內(nèi)容

12月26日

8:30-11:30

（1）生物醫(yī)學科研中的數(shù)據(jù)挖掘思路及R軟件基礎(chǔ)操作

1. 醫(yī)學大數(shù)據(jù)研究背景及數(shù)據(jù)挖掘概念

2. 生物醫(yī)學科研中的數(shù)據(jù)挖掘思路及應(yīng)用數(shù)據(jù)挖掘方法提升論文級別

3. R軟件實操

1）R軟件的下載和安裝

2）R軟件的基本運算(向量運算、矩陣計算)

3）應(yīng)用R軟件進行數(shù)據(jù)匹配

4）R軟件的基本統(tǒng)計分析操作(t檢驗，卡方檢驗，線性回歸，logistic回歸)

5）R軟件的圖表繪制

6）統(tǒng)計分析批處理的R軟件實現(xiàn)

4.?問題答疑

12月26日

14:00-17:00

（2）數(shù)據(jù)挖掘方法—分類

（3）數(shù)據(jù)挖掘方法—聚類

1. 數(shù)據(jù)挖掘方法-分類

1）分類的概念

2）分類的性能與評估?

3）決策樹與隨機森林分類器的構(gòu)建及R軟件實現(xiàn)

4）決策樹與隨機森林結(jié)果的可視化

5）主成分分析

6）應(yīng)用主成分分析繪制分類圖

2. 數(shù)據(jù)挖掘方法-聚類

1）聚類的概念及常用聚類方法(K均值聚類與系統(tǒng)聚類)

2）K均值聚類與系統(tǒng)聚類的R軟件實現(xiàn)

3）K均值聚類與系統(tǒng)聚類的可視化

4）各種系統(tǒng)聚類圖及雙向聚類熱圖的繪制

3. 問題答疑

12月27日

8:30-11:30

（4）數(shù)據(jù)挖掘方法—關(guān)聯(lián)規(guī)則

（5）數(shù)據(jù)挖掘方法—競爭風險模型的生存分析及列線圖、校準圖繪制

（6）基于公共數(shù)據(jù)庫的腫瘤基因組數(shù)據(jù)挖掘

?

1.數(shù)據(jù)挖掘方法—關(guān)聯(lián)規(guī)則

1）關(guān)聯(lián)規(guī)則的概念及常用關(guān)聯(lián)規(guī)則分析方法

2）關(guān)聯(lián)規(guī)則分析的R軟件實現(xiàn)

3）關(guān)聯(lián)規(guī)則的可視化

2. 數(shù)據(jù)挖掘方法—列線圖及校準圖繪制

1）Logistic回歸分析的列線圖和校準圖的繪制

2）決策曲線分析

3）Cox回歸分析的列線圖和校準圖繪制

4）競爭風險的生存分析

3. 基于公共數(shù)據(jù)庫的腫瘤基因組數(shù)據(jù)挖掘

1）數(shù)據(jù)導入及數(shù)據(jù)預處理

2）聚類熱圖的繪制

3）提取差異表達基因

4）繪制火山圖

5）應(yīng)用非負矩陣分解聚類法進行腫瘤亞型分析

4.?問題答疑

12月27日

14:00-17:00

（7）疾病相關(guān)分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

（8）基因組數(shù)據(jù)挖掘—臨床生物信息學研究熱點的相關(guān)數(shù)據(jù)分析

（9）數(shù)據(jù)挖掘與SCI論文寫作案例講解

1. 疾病相關(guān)分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

1）?分子網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫介紹

2）網(wǎng)絡(luò)分析及可視化工具-Cytoscape軟件介紹

2. 基因組數(shù)據(jù)挖掘-臨床生物信息學研究熱點的相關(guān)數(shù)據(jù)分析

1）腫瘤免疫浸潤相關(guān)數(shù)據(jù)分析

2）腸道菌群及代謝組學相關(guān)數(shù)據(jù)分析

3）單細胞測序數(shù)據(jù)分析

3.?數(shù)據(jù)挖掘與SCI論文寫作案例講解

1）案例講解：應(yīng)用決策樹和隨機森林獲得影響結(jié)局的決策準則及提取結(jié)局的重要風險因素

2）案例講解：應(yīng)用分類與聚類進行數(shù)據(jù)挖掘的SCI論文寫作與發(fā)表

3）案例講解：應(yīng)用關(guān)聯(lián)規(guī)則進行數(shù)據(jù)挖掘的SCI論文寫作與發(fā)表

4）案例講解：生物數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)的整合分析思路—基于GEO和TCGA公共數(shù)據(jù)庫挖掘的SCI論文寫作與發(fā)表

5) 案例講解：腫瘤免疫浸潤相關(guān)的SCI論文寫作與發(fā)表

6）案例講解：腸道菌群相關(guān)的SCI論文寫作與發(fā)表

7）案例講解：單細胞測序相關(guān)的SCI論文寫作與發(fā)表

4. 問題答疑