一、LAMMPS基礎(chǔ)

1 ?分子動力學(xué)模擬入門理論——掌握lammps的in文件中各命令的意義

1.1系綜理論

1.2主要算法介紹

1.3積分步長的選取

1.4溫度和壓力控制

1.5周期性邊界條件

1.6分子動力學(xué)模擬流程

二、LAMMPS入門學(xué)習(xí)

2 ?LAMMPS入門操作基礎(chǔ)

2.1 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握LAMMPS所用的Linux命令

2.2 LAMMPS中一些安裝包的介紹——為以后創(chuàng)建自己體系進(jìn)行選擇性安裝

2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版編譯安裝——掌握LAMMPS的編譯方法，針對自己體系編譯可執(zhí)行文件。

2.4 LAMMPS的in文件結(jié)構(gòu)格式、基本語法及常用命令講解、data文件格式。

2.5 LAMMPS實(shí)例講解。

實(shí)例操作：在linux系統(tǒng)編譯安裝自己的LAMMPS可執(zhí)行程序。

三、LAMMPS進(jìn)階學(xué)習(xí)

3. LAMMPS各種參數(shù)計算

3.1 顆粒模擬

3.2 可視化快照

3.3 彈性常數(shù)模擬

3.4 計算熱導(dǎo)率

3.5 計算粘度

3.6 計算均方位移

3.7 計算徑向分布函數(shù)

3.8 計算擴(kuò)散系數(shù)

3.9 計算能量數(shù)據(jù)

3.10 Lammps常見錯誤及解決途徑

實(shí)例操作：學(xué)員結(jié)合自己的科研方向，選擇運(yùn)行契合自己研究方向的例子

四、Lammps的建模

4 ??LAMMPS建?！莆栈静僮髁鞒?/p>

4.1 ?掌握lattice命令建立晶體模型

4.2 ?Packmol建模語法學(xué)習(xí)及實(shí)操

4.3 ?Material Studio建模學(xué)習(xí)及實(shí)操

4.4 ?VMD建模學(xué)習(xí)及實(shí)操

: 實(shí)例操作：把上述實(shí)操模型轉(zhuǎn)換成lammps的data文件

五、從examples的簡單例子，到完成自己的科研課題

5 通過examples中的例子，理解要模擬對象的物理意義

5.1 ?運(yùn)行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片層(碳納米管)內(nèi)的流動模擬

5.2 ?運(yùn)行examples\shear 到石墨烯力學(xué)性質(zhì)模擬

5.3 ?運(yùn)行examples\friction 到金屬/合金的摩擦模擬

5.4 ?特殊結(jié)構(gòu)的模擬建模（C60系列模型）

實(shí)例操作：學(xué)員探索由簡單例子到自己科研課題的模擬過程

六，環(huán)氧樹脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力場)

6 環(huán)氧樹脂在二氧化硅表面吸附吸能的影響

模擬過程

6.1 創(chuàng)建構(gòu)型文件

6.2 建立輸入腳本

6.3 運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

6.4 壓縮盒子達(dá)到指定的密度（針對不同研究體系掌握壓縮方法的不同，并掌握判斷方法和依據(jù)）

6.5模擬步驟：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-對研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長時間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。

6.6. 查看動態(tài)軌跡和特殊幀的圖片顯示(采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學(xué)會用tcl腳本控制輸出)

6.7 數(shù)據(jù)分析（origin軟件的使用）

6.7.1 MSD分析

6.7.2 計算RDF

6.7.3 計算密度分布

七、LAMMPS高級研修，自建分子力場參數(shù)文件和金屬有機(jī)框架材料晶體模型

7 LAMMPS分子力場文件創(chuàng)建及MOFs材料建模

7.1 ?介紹固體材料單晶包試驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，掌握基本的材料幾何特征

7.2 ?利用MS軟件構(gòu)建MOFs材料單晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3 ?分子作用勢能函數(shù)，編寫MS軟件中的力場參數(shù)文件（off文件）

7.4 ?巨正則系綜Monte Carlo方法

7.5 ?利用Sorption模塊將H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6 ?編寫LAMMPS力場文件（frc文件），并通過lammps程序生成data文件

7.7 ?運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

7.8 ?模擬步驟：包括能量最小化NVT平衡，對研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長時間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。

實(shí)例操作：金屬有機(jī)框架（MOFs）儲氫和碳捕集模擬

八、分子篩納米膜分離H2/CO2混合氣體模擬

（模擬文獻(xiàn)Science 346 (6215), 1356-1359）

8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分離性能

模擬文獻(xiàn)Science 346 (6215), 1356-1359的分離過程

8.1 ?利用MS軟件構(gòu)建ZIF-7膜材料單晶包

8.2 ?設(shè)計H2/CO2與ZIF-7體系模型，再現(xiàn)文獻(xiàn)“Science 346 (6215), 1356-1359”的實(shí)驗(yàn)過程

8.3 ?自定義分子力場文件（frc文件），并通過lammps程序生成data文件

8.4 ?運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

8.5 ?模擬步驟：包括能量最小化-NVT平衡，對研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長時間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)

8.6 ?采用VMD查看動態(tài)軌跡

8.7 ?數(shù)據(jù)分析，計算RDF，MSD，密度分布，選擇性等

: 實(shí)例操作：包括在VMD中查看可視化的動態(tài)軌跡，計算密度分布，分子的MSD等，抽取軌跡的動能、勢能、總能量等相關(guān)數(shù)據(jù)，對軌跡進(jìn)行初步分析

九、診斷性Meta分析講解

針對診斷性研究

講解Meta-Disc軟件