培訓(xùn)課程：

第一天

8:00--9:00

學(xué)員報(bào)道，領(lǐng)取資料

9:00--11:30

linux系統(tǒng)簡(jiǎn)介，常用基礎(chǔ)命令操作講解

windows 版本的lammps安裝使用

超算平臺(tái)作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)LSF介紹，作業(yè)提交、查詢，狀態(tài)監(jiān)控

分子模擬的發(fā)展歷史、分子模擬的優(yōu)勢(shì)和局限

分子模擬的基本框架：建模（前處理）、采樣（模擬）、分析（后處理）

基本動(dòng)力學(xué)方程：分子動(dòng)力學(xué)的基本假設(shè)和理論框架

數(shù)值算法：分子動(dòng)力學(xué)常用的數(shù)值算法及選擇它們的理由

運(yùn)動(dòng)方程/邊界/截?cái)?長(zhǎng)程作用/系綜/控溫控壓等一系列基本概念介紹

力場(chǎng)（經(jīng)驗(yàn)勢(shì)函數(shù)）：如何針對(duì)不同系統(tǒng)選用不同的勢(shì)函數(shù)，此部分為分子動(dòng)力學(xué)的核心。

13:30--17:00

LAMMPS上機(jī)實(shí)戰(zhàn)1

用?LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt問題的分子動(dòng)力學(xué)模擬，了解in文件的基本結(jié)構(gòu)及其邏輯安排，學(xué)習(xí)最常用的lammps命令，包括有序結(jié)構(gòu)初始構(gòu)型的建立方法、時(shí)間步長(zhǎng)的設(shè)置、構(gòu)型的輸出，通過ovito可視化軟件來看動(dòng)畫做圖片以及結(jié)構(gòu)分析等。

?

第二天

8:30--11:30?

LAMMPS上機(jī)實(shí)戰(zhàn)2

用?LAMMPS操作完成 crack、shear、flow、friction等問題的分子動(dòng)力學(xué)模擬，并將結(jié)果利用VMD、OVITO軟件進(jìn)行可視化。學(xué)員在此階段可進(jìn)一步學(xué)習(xí)LAMMPS in文件的編寫及可視化軟件VMD的使用，制作精美圖片、動(dòng)畫。通過練習(xí)，學(xué)員親自上機(jī)實(shí)踐，加深對(duì)lammps關(guān)鍵命令的理解。

13:00--17:00?

LAMMPS上機(jī)實(shí)踐3

學(xué)習(xí)data文件的結(jié)構(gòu)以及編寫方法和注意事項(xiàng)， 學(xué)習(xí)用VMD、packmol、Moltemplate、MS軟件、topotool命令來建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子鏈、復(fù)合系統(tǒng)等的初始構(gòu)型，并導(dǎo)出lammps能用的data文件的方法。通過具體的練習(xí)，親自操作，加深學(xué)員對(duì)于這些軟件、方法的掌握。

?

第三天

8:30-11:30

LAMMPS上機(jī)實(shí)踐4

利用LAMMPS完成melt, crack問題的研究，并分析模擬所得結(jié)果。運(yùn)用lammps對(duì)系統(tǒng)施加不同力學(xué)載荷、模擬磁場(chǎng)、電場(chǎng)以及控溫、控壓等操作的實(shí)現(xiàn)；學(xué)習(xí)用lammps輸出分析所需要的系統(tǒng)不同層次的信息的方法；進(jìn)一步講解VMD、OVITO在模擬結(jié)果分析中的作用。通過具體的練習(xí)來加深學(xué)員對(duì)lammps施加不同載荷的命令的理解。

13:30--17:00

LAMMPS上機(jī)實(shí)踐5

全原子分子動(dòng)力學(xué)模擬、粗?；肿觿?dòng)力學(xué)模擬實(shí)例講解。通過多個(gè)實(shí)例的演示學(xué)習(xí)，加強(qiáng)學(xué)員對(duì)LAMMPS模擬中主要文件的編寫、系統(tǒng)平衡、時(shí)間步長(zhǎng)選擇、出錯(cuò)調(diào)試等等一系列重要問題的認(rèn)識(shí)。答疑解惑，互相討論。