第一天

8:00--11:30? ?linux系統(tǒng)簡介，常用基礎(chǔ)命令操作講解

windows 版本的lammps安裝使用

超算平臺作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)LSF介紹，作業(yè)提交、查詢，狀態(tài)監(jiān)控

分子模擬的發(fā)展歷史、分子模擬的優(yōu)勢和局限

分子模擬的基本框架：建模（前處理）、采樣（模擬）、分析（后處理）

基本動力學方程：分子動力學的基本假設(shè)和理論框架

數(shù)值算法：分子動力學常用的數(shù)值算法及選擇它們的理由

運動方程/邊界/截斷/長程作用/系綜/控溫控壓等一系列基本概念介紹

力場（經(jīng)驗勢函數(shù)）：如何針對不同系統(tǒng)選用不同的勢函數(shù)，此部分為分子動力學的核心。同時還會介紹一點MD的GPU計算相關(guān)內(nèi)容。

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13:30--17:00? LAMMPS上機實戰(zhàn)1

用 LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt問題的分子動力學模擬，了解in文件的基本結(jié)構(gòu)及其邏輯安排，學習最常用的lammps命令，包括有序結(jié)構(gòu)初始構(gòu)型的建立方法、時間步長的設(shè)置、構(gòu)型的輸出，通過ovito可視化軟件來看動畫做圖片以及結(jié)構(gòu)分析等。

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第二天

?8:30--11:30?LAMMPS上機實戰(zhàn)2?

用 LAMMPS操作完成 crack、shear、flow、friction等問題的分子動力學模擬，并將結(jié)果利用VMD、OVITO軟件進行可視化。學員在此階段可進一步學習LAMMPS in文件的編寫及可視化軟件VMD的使用，制作精美圖片、動畫。通過練習，學員親自上機實踐，加深對lammps關(guān)鍵命令的理解。

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13:00--17:00? ?LAMMPS上機實踐3

學習data文件的結(jié)構(gòu)以及編寫方法和注意事項， 學習用VMD、packmol、Moltemplate、MS軟件、topotool命令來建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子鏈、復合系統(tǒng)等的初始構(gòu)型，并導出lammps能用的data文件的方法。通過具體的練習，親自操作，加深學員對于這些軟件、方法的掌握。

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第三天

8:30-11:30? ?LAMMPS上機實踐4

利用LAMMPS完成melt, crack問題的研究，并分析模擬所得結(jié)果。運用lammps對系統(tǒng)施加不同力學載荷、模擬磁場、電場以及控溫、控壓等操作的實現(xiàn)；學習用lammps輸出分析所需要的系統(tǒng)不同層次的信息的方法；進一步講解VMD、OVITO在模擬結(jié)果分析中的作用。通過具體的練習來加深學員對lammps施加不同載荷的命令的理解。

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13:30--17:00? ?LAMMPS上機實踐5

全原子分子動力學模擬、粗粒化分子動力學模擬實例講解。通過多個實例的演示學習，加強學員對lammps模擬中數(shù)值模型的建立、主要文件的編寫、系統(tǒng)平衡、時間步長選擇、出錯調(diào)試等等一系列重要問題的認識。答疑解惑，互動討論。

答疑解惑，互相討論。