GROMACS分子動力學(xué)模擬暑假實戰(zhàn)培訓(xùn)（8月在線直播+杭州線下課）
時間：2020-08-01 09:00 至 2020-08-17 16:30
地點：線上活動
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首頁 > 培訓(xùn)課程 > IT/技術(shù)培訓(xùn) > GROMACS分子動力學(xué)模擬暑假實戰(zhàn)培訓(xùn)（8月在線直播+杭州線下課） 更新時間：2020-07-07T14:10:49
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GROMACS分子動力學(xué)模擬暑假實戰(zhàn)培訓(xùn)（8月在線直播+杭州線下課） 已截止報名課程時間： 2020-08-01 09:00至 2020-08-17 16:30結(jié)束 課程地點： 線上活動 會議規(guī)模：30人 主辦單位： 北京軟研國際信息技術(shù)研究院 |
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會議通知
會議內(nèi)容 主辦方介紹
GROMACS分子動力學(xué)模擬暑假實戰(zhàn)培訓(xùn)（8月在線直播+杭州線下課）宣傳圖
關(guān)于舉辦“GROMACS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”線上+線下暑期實戰(zhàn)培訓(xùn)的通知
各有關(guān)單位:
分子動力學(xué)模擬軟件GROMACS的應(yīng)用廣泛、功能強大、用戶友好，能夠滿足幾乎所有常見的原子體系模擬需要，而且免費開源。采用GROMACS進行分子動力學(xué)計算分析從而指導(dǎo)進一步的實驗工作，預(yù)測理論結(jié)果。不論你從事計算化學(xué)，生物醫(yī)學(xué)或其他領(lǐng)域研究, 理解并實踐分子模擬都能給你一些新的的思考方式，增強你對新問題的分析力與洞察力。
為全力做好教育系統(tǒng)新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作，確保廣大師生的身體健康和生命安全，根據(jù)中央有關(guān)精神以及教育部《關(guān)于2020年春季學(xué)期延期開學(xué)的通知》，各級教育主管部門也紛紛提出將通過開展網(wǎng)絡(luò)教學(xué)，確?！巴Ｕn不停教、不停學(xué)”。應(yīng)新老客戶的科研需求，北京軟研國際信息技術(shù)研究院特舉辦“GROMACS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”線上+線下暑期實戰(zhàn)培訓(xùn)，本次培訓(xùn)由互動派（北京）教育科技有限公司具體承辦，具體相關(guān)事宜通知如下：
一、培訓(xùn)特色：
本次暑期課程共計4天，2天在線教學(xué)及2天線下實訓(xùn)；小班授課，對知識進行由淺入深，層層遞進，系統(tǒng)講解，配合案例解析邊講邊練，讓學(xué)員能運用模擬軟件針對每個技術(shù)點進行上機操作；在線學(xué)習后對學(xué)員提煉出的問題提供專業(yè)指導(dǎo)，從而更好地滿足學(xué)員不同方面的論文及實際科研需求；課堂上建立專屬班級交流平臺，學(xué)員學(xué)完后可以繼續(xù)在班級群與老師同學(xué)交流問題，鞏固學(xué)習內(nèi)容。
二、 時間地點：
2020年8月1日-8月2日 ????????在線直播（授課2天）
2020年8月16日-8月17日? ? ? ?線上/杭州（授課2天）
備注：結(jié)合疫情發(fā)展狀況及各省各高校實行的限制出入政策，若線下開班時間學(xué)員不能如期出行，則2天線下課程內(nèi)容轉(zhuǎn)為該時間段的線上教學(xué)，特此說明！后期本人還可再免費參加一次課程。
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會議日程
（最終日程以會議現(xiàn)場為準）
培訓(xùn)課表：
“GROMACS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”暑期培訓(xùn)班（第十期）大綱
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課 ?程 |
內(nèi) ??容 |
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分子動力學(xué)模擬基礎(chǔ) |
1 分子模擬入門理論——對分子動力學(xué)模擬原理介紹 1.1統(tǒng)計力學(xué)基本假設(shè) 1.2統(tǒng)計概率 1.3配分函數(shù)的定義 1.4系綜簡介和選擇 1.5分子動力學(xué)的概念 1.6主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法 1.7積分步長的選取 1.8溫度和壓力控制 1.9周期性邊界條件 1.10分子動力學(xué)模擬流程 |
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GROMACS入門操作 |
2 GROMACS入門操作基礎(chǔ) 2.1?Linux環(huán)境介紹 2.2 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令 2.3 Linux并行操作方法 2.4 OpenMP內(nèi)存貢獻并行介紹 2.5 MPI分布式并行介紹和環(huán)境搭建 2.6?GROMACS的win版linux版編譯安裝——學(xué)會編譯方法，針對自己體系編譯軟件 2.7?GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數(shù)介紹 2.8 GROMACS基本算法介紹 2.8?GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式，為以后創(chuàng)建自己體系做準備 OPLS為例，力場的各種參數(shù)說明 |
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GROMACS建模 方法 |
3?GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學(xué)員具有扎實的技術(shù)基礎(chǔ) 3.1?Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用 3.2 建立各種體系模型 混合模型、界面模型、球體模型等 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB itp, top的結(jié)構(gòu)以及參數(shù)說明 3.4 建立均相、多相體系 3.5 如何修改力場參數(shù) |
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GROMACS初級 分析工具講解 |
3?GROMACS分析工具——掌握基本數(shù)據(jù)分析——使學(xué)員具備問題解決能力 3.6?LJ流體，甲烷，水純物質(zhì)模擬 3.7?模擬軌跡分析（trajectory，sasa，rdf，freevolume等） 3.8?生成拓撲結(jié)構(gòu)和坐標文件（editconf，genconf，pdb2gmx等） 3.9?模擬能量分析（energy，enemat等） 3.10?系統(tǒng)動態(tài)結(jié)構(gòu)分析（cluster，confrms，midist等） 3.11?空間分布性質(zhì)（gyrate，msd，rdf，traj等） 3.12?分子結(jié)構(gòu)分析（hbond，order，principal，spol等） 3.13?靜電作用分析（dielectric，dipoles，potential等） 3.14?介面作用分析（density，densmap，h2order等） 3.15?光譜學(xué)分析（anaeig，nmeig等） |
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GROMACS算例 |
4 GROMACS計算實例——熟練掌握GROMACS計算一整套流程 4.1?純相、多相混合體系模擬計算 冰、水、甲烷等、超臨界二氧化碳等 乙醇等極性溶劑 石油化工領(lǐng)域等、聚合物分子等 4.2?界面模擬計算 氣液界面、固液界面、油水界面 表面活性劑的界面模擬 4.3?物理場下的模擬計算 ???靜電場、微波場、高斯脈沖場 4.4?石墨烯、納米管的模擬 |
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復(fù)雜體系建模分析（一） ? |
5 傘形采樣——計算結(jié)合自由能 5.1?創(chuàng)建一系列反應(yīng)路徑分子構(gòu)型 5.2?提取模擬間隔質(zhì)心軌跡 5.3?模擬每個構(gòu)型的傘形采樣 5.4 柱狀圖分析計算結(jié)構(gòu)自由能 6 藥物分子開發(fā)溶劑篩選 6.1?介紹熱力學(xué)積分方法 6.2?構(gòu)建藥物分子模型 6.3?建模藥物分子溶解在水相，油相和醇相 6.4?計算不同相態(tài)下的分配系數(shù) 6.5?快速預(yù)測藥物分配系數(shù)方法 7?固/晶體建模仿真 7.1?固/晶體結(jié)構(gòu)建模 7.2?插入溶劑分子 7.3?模擬系統(tǒng)達平衡 7.4?分析固/晶體結(jié)構(gòu)變化 8 磷脂雙分子層生物膜建模 8.1?磷脂分子結(jié)構(gòu)建模 8.2?磷脂雙分子層建模 8.3 模擬水通道（蛋白、多肽、高分子、碳納米管等） 8.4 插入溶劑分子 8.5 模擬系統(tǒng)達平衡 8.6 分析溶劑分子擴散速率 9?討論學(xué)員感興趣的相關(guān)問題 |
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復(fù)雜體系建模分析（二） |
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會議嘉賓
（最終出席嘉賓以會議現(xiàn)場為準）
主講老師：
????現(xiàn)在武漢高校任教，博士，特聘教授。長期從事分子熱力學(xué)、分子模擬、化學(xué)反應(yīng)動力學(xué)、材料力學(xué)性能預(yù)測等相關(guān)研究?（由于涉及到老師信息，本名不方便透露，上課時會做介紹）
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參會指南
會議門票
報名費用：??
每人￥3600元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費）
優(yōu)惠一：7月20日前匯款可享受200元優(yōu)惠（僅限前八名）；
優(yōu)惠二：本人同時報多個課程，每個課程可享受300元學(xué)費優(yōu)惠；
【注】1、開課前一周會務(wù)組統(tǒng)一通知；開課前一天會將直播鏈接及上機賬號發(fā)至您郵箱或微信。如未收到請及時咨詢！
??????2、暑期同時開設(shè)的相關(guān)課程：
《計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用》http://www.yburdzz.cn/event-72071767.html
《COMSOL Multiphysics多物理場仿真技術(shù)與應(yīng)用》?http://www.yburdzz.cn/event-588160905.html
《理論計算化學(xué)基礎(chǔ)暨Gaussian入門+進階實戰(zhàn)》http://www.yburdzz.cn/event-741216670.html
《GROMACS分子動力學(xué)模擬暑假實戰(zhàn)培訓(xùn)》http://www.yburdzz.cn/event-649825254.html
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溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動延期或取消，建議“異地客戶”與活動家客服確認參會信息后，再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動各項資源需提前采購，購票后不支持退款，可以換人參加。
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